gratools list_chr
Options
Usage Examples
in a short format
$ gratools list_chr --gfa Og_cactus.gfa.gz
────────────────────────────────── Summary ─────────────────────────────────────────
Total samples: 5
Min chromosomes per sample: 2
Max chromosomes per sample: 2
5 Samples, 2-2 Unique Chromosomes/Sample (GFA: Og_cactus)
╭─────────────┬──────────────────────────────────────┬──────────────────────────────╮
│ Sample Name │ Unique Chromosomes (Comma-separated) │ Number of Unique Chromosomes │
├─────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ CG14 │ CG14_Chr07, CG14_Chr08 │ 2 │
├─────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Og103 │ Og103_Chr07, Og103_Chr08 │ 2 │
├─────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Og182 │ Og182_Chr07, Og182_Chr08 │ 2 │
├─────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Og20 │ Og20_Chr07, Og20_Chr08 │ 2 │
├─────────────┼──────────────────────────────────────┼──────────────────────────────┤
│ Tog5681 │ Tog5681_Chr07, Tog5681_Chr08 │ 2 │
╰─────────────┴──────────────────────────────────────┴──────────────────────────────╯
with detailed information, including chromosome start and end positions
$ gratools list_chr --gfa Og_cactus.gfa.gz --full
───────────────────────────────── Summary ────────────────────────────────
Total samples: 5
Total unique chromosomes: 10
Total fragments: 23
Min fragment length: 1,772,164 bp
Max fragment length: 2,075,321 bp
Average fragment length: 11,330,633.22 bp
5 Samples, 2-2 Chromosomes/Sample (GFA: Og_cactus) - Full Fragment List
╭─────────────┬──────────────────────────┬────────────────┬──────────────╮
│ Sample Name │ Chromosome Fragment Name │ Fragment Start │ Fragment End │
├─────────────┼──────────────────────────┼────────────────┼──────────────┤
│ CG14 │ CG14_Chr07 │ 0 │ 26,599,614 │
│ │ CG14_Chr08 │ 0 │ 25,472,747 │
├─────────────┼──────────────────────────┼────────────────┼──────────────┤
│ Og103 │ Og103_Chr07 │ 23,875 │ 12,687,580 │
│ │ Og103_Chr07 │ 12,866,628 │ 13,747,795 │
│ │ Og103_Chr07 │ 13,903,795 │ 27,060,440 │
│ │ Og103_Chr08 │ 30,268 │ 25,689,516 │
├─────────────┼──────────────────────────┼────────────────┼──────────────┤
│ Og182 │ Og182_Chr07 │ 16,376 │ 26,829,393 │
│ │ Og182_Chr08 │ 11,495 │ 25,639,462 │
├─────────────┼──────────────────────────┼────────────────┼──────────────┤
│ Og20 │ Og20_Chr07 │ 13,644 │ 1,772,164 │
│ │ Og20_Chr07 │ 1,890,766 │ 13,326,301 │
│ │ Og20_Chr07 │ 13,432,358 │ 26,556,933 │
│ │ Og20_Chr08 │ 33,688 │ 25,577,180 │
├─────────────┼──────────────────────────┼────────────────┼──────────────┤
│ Tog5681 │ Tog5681_Chr07 │ 22,457 │ 9,322,325 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 9,748,285 │ 9,764,302 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 9,907,780 │ 9,939,241 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 10,023,782 │ 13,034,997 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 13,211,081 │ 14,101,598 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 14,241,787 │ 25,016,640 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 25,052,306 │ 25,203,063 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 25,411,687 │ 25,413,700 │
│ │ Tog5681_Chr07 │ 25,481,734 │ 27,557,055 │
│ │ Tog5681_Chr08 │ 9,084 │ 16,374,127 │
│ │ Tog5681_Chr08 │ 16,391,988 │ 25,643,255 │
╰─────────────┴──────────────────────────┴────────────────┴──────────────╯
save in a tabular file
$ gratools list_chr --gfa Og_cactus.gfa.gz --full --save